W trzeciej części filmu Sonic, Knuckles i Tails ponownie łączą siły przeciwko potężnemu nowemu przeciwnikowi, Shadowowi, tajemniczemu złoczyńcy z niespotykanymi dotąd mocami. By powstrzymać Shadowa i ochronić planetę, drużyna Sonica musi zawrzeć najmniej prawdopodobny sojusz, bo z samym Doktorem Robotnikiem.